Форум ФОСС-Он-Лайн

Обьясните это окошко и расскажите почему написано не включайте эту опцию, нафига там стоит галка, если не включать. При обновлении версии сделал не по стандартному как у вас описано а переустановкой сервера и все сервер не запускается, запустил мастер настроек сервера, хотел новый сервер завести, начал установку ждал минут 20-25 шкала установки не двигается процесс не висит, сколько ждать не понятно, это просто жуть

На последних версиях (6.2 и выше) по умолчанию эта галочка снята. Она отвечает за сохранение настроек экземпляра сервера. Соответственно, при переустановке или обновлении вы не теряете свои настройки. Система честно рассказывает под этой опцией про последствия этого.
В любом случае, даже если вы это удалите, обычно далее по диалогу идет опция помещения в корзину.

А восстановить систему потом можно или при этой галочке все рушится

Даже если вы поставили эту галочку, вы теряете максимум экземпляр сервера (т.е.его настройки). Если база данных у вас находится на SQL Server она сама по себе никуда не денется, но опять таки - система предложит вам в следующей странице удалять ли базу.
Исключение - это MySQL, который идет в поставке с FossDoc Server, в этом случае вы потеряете и базу, но если удаляли в корзину - можно там поискать.

Дело в том что и база удалилась а восстановить не получается

А в корзине посмотрите, вполне может быть там будет папка вашего экземпляра что вы удалили.

Экземпляр да, но при восстановлении служба не запускается и все тут

Из корзины - восстановить, папка вернется куда нужно, после этого из меню Пуск запустить Конфигуратор экземпляров серверов FossDoc, как только он запустится он "увидит" эту папку и создаст вам службу Windows, которая будет работать.

Незнаю как у вас, но у меня после полной очистки реестра от всего, при установке заново вашего продукта служба висит и не запускается, проблема не решена и решения не вижу

У вас в экземпляре, что вы восстановили, вот эти папки и файлы есть?
data
Logs
MailServer
License.xml
App.config
my.ini

Если да, зайдите в папку Logs, очистите что там есть, а что не захочет удаляться - скопируйте и пришлите на support@fossdoc.com