Обычно при удалении библиотеки система корректно сама вычисляет все связанные типы документов, типы папок и справочники и предлагает удалить их.
Однако, в ряде случаев, с этим могут возникнуть проблемы, вы можете получить сообщение, подобное этому:
В этом случае попробуйте начать удалять не сразу целиком библиотеку, а для начала удалите тип документа-заявку в ней, затем дочерние типы (для вкладок), и потом библиотеку.