Форум ФОСС-Он-Лайн

С конфигом у вас все в порядке. Сделаем вот что:
1) через диспетчер задач убейте процесс FossDoc Application Server.
2) в экземпляре сервера в папке Logs очистите логи (саму папку оставьте)
3) C:\ProgramData\FOSS-On-Line -- удалите

4) пробуем запустить службу снова, ждем минут 5-10, если оно так и ведет себя плохо, папку Logs упакуйте и приложите сюда.

Старый сервер FD22-FossDoc
Новый сервер FD22-FossDoc2014
Конфигуратор экземпляров серверов FossDoc видит только новый 2014

Странно что он "не видит" ваш старый экземпляр. У вас FossDoc установлен в папке:
"C:\Program Files\FOSS\FossDoc Application Server\"

Проверьте папку Instances, там должно быть две подпапки - старого и нового экземпляра сервера.
Если это так, прямо всю папку Instances упакуйте и пришлите архив на support@fossdoc.com

Администрирование от нового сервера запустилось под administrator

какую папку LOG прислать?

Учитывая что у вас "потерялся" старый экземпляр, проверьте папку Instances, их там у вас два или один (новый)?
По идее там две подпапки у вас должно быть - старая и новая. В каждой своя папка Logs.

Пока просто посмотрите.

Все верно, 2 папки

А что в "старой" папке экземпляра FossDoc нет файла App.config ? Вот оно и не признает его.
Я советую сделать вот что: скопируйте туда свой файл App.config из нормального (нового) экземпляра, а потом , попробуйте в режиме "Изменить" подправить его
конфигуратором сервера -- вам же нужно будет перебить базу.

БД дает выбрать только новую 2014

Так...глядя на ваши скриншоты - весьма странно, у вас две базы - одна "новая" а вторая зовется KAV, а где старая?
Вам касперский случаем, не удалил ее? Бекап есть? Или что за база рядом KAV ? Раскройте ее таблицы , и скриншот приложите.

если создавать новый экземпляр, то автоматом прописывает (local)\MICROSOFT##SSEE